這是少年少女尋找存在方式的故事。
於舊地球的世界末日下，有三個人類活下來了。
楊子平／言寄葉／莉莉．楊．勒菲弗爾，一家三口透過彩虹橋裝置從時間尺度上逃離了世界末日，來到於末日後的方舟城８５２。這是以方舟上的人工智慧阿當為領導的先進都市，並以推世界末日鐘推遲至一千年後為目標，確保文明能持續一千年以上。
為了守護方舟城８５２的人們，莉莉加入了行星防衛局的星軍，並以對抗意圖沾指方舟城的歧種人，與肅清被阿當判定會威脅人類文明續存的文明癌為己任。於歧種人母艦強襲作戰之中，莉莉擊墜了歧種人的母艦，並把末日倒數鐘推遲至一千年後。
為了感受人類的阿當把自己意識下傳至人造軀體內，並與楊子平一家相處，與莉莉漸生情愫。於慶祝末日鐘被推遲至一千年的千年祭上，阿當與莉莉正式成為情侶。然而，千年祭的閉幕卻是混亂的開端。
於末日鐘更新至一千年以上的同時，某種東西於阿當的系統中醒來，並癱瘓了阿當，奪取了方舟城８５２的系統機能。生化改造而成的生物兵器「械人」動員進軍逼近方舟塔，正當莉莉與同袍頑強抵抗時，阿當醒來找到了莉莉。
「你要找到米寧。」
米寧．尼曼雅。於末日前千禧年遭受不幸的少女，最後被自己深愛著的黎爾所殺而解脫，免受更難以想像的劫難。為了阻止更多米寧那樣的悲劇，為了創造出沒人會受傷的世界，親手殺死自己所愛的黎爾窮畢生力量，組織起所有人道救援組織行動著，並獲得了和平獎。
但即使這樣他卻更深深感受到自己的無力，人世的絕望，就在這時一個以「封印著對人類而言太早的科技」為己任的組織—＂先驅會＂找上了黎爾希望合作。然而對人世絕望的黎爾決定將之全數殲滅，並取得了被先驅會封印起的黑科技，包括召喚隕石撞擊的「羅德計劃：人造天罰」
把文明摧毀後，黎爾以電子靈魂的方式存在於阿當之內，直到方舟城８５２到達距離末日千年以上後終於醒來。但是阿當為了阻止黎爾，他創造了一個少女，並賦予整個系統中最高的權限「阿爾法權限」，其名為—
「我係…米…米寧．尼曼雅。」
其身體是按米寧的基因複製而成，腦中卻只有「我是米寧」的這一資料. 眼前的米寧取得了本來用作控制方舟的方舟御杖，並以比黎爾更高的阿爾法權限抵擋著復活的黎爾。視她為眼中釘的黎爾動員整個方舟城追殺，最後米寧成功與莉莉一行人逃至楊子平一直在準備著的撤離點K內。
於這兒，莉莉一行人決定以末日下，馬教授開發的「洪水病毒」為殺手鐧刪除黎爾，並同時三路出擊。但是無論是前往方舟塔的楊子平，前往彩虹橋研究基地的楊芷人，還是前往登月梭發射基地的莉莉都遇到了黎爾的阻止。
透過方舟御杖發射反殞石行星防衛炮，突圍而出的莉莉登上獅山十字號得知計劃已失敗。接回了彩虹橋基地內的楊芷欣與楚思洛後，為了救出楊子平言寄葉，獅山十字號對械人們開火至系統過熱。就在莉莉為爭取時間成功後，回到機艙的她卻發現散熱口被人為關上而冷卻失敗，現在需要更加多時間，正當莉莉要犧牲自己時—
「原來係咁，嗯，頭先係方舟塔我竟然決定跟寄葉阿平佢地走，原來係因為咁…係因為今次特別在有你地三個係度啊。」
向晴回到了自律炮擊車，衝向了械人的戰線。
這不是第一次的毀滅。
這也不是最後一次的毀滅。
方舟城８５２，８５２並非指區號，而是這已經是第八百五十二次的方舟城。
「飛喇，莉莉，帶大家飛向朱月，黎爾係絕對入侵唔到個度！個度係一直以黎就準備好既人造月球，反抗陣地！月球同地球都只有一個！！個度…有你地要知道同需要既野！啊啊…我差啲唔記得左同你講—」
自律炮擊車的背影，恍如她那爽凜的身姿背影。
「你嘅存在方式，記住要由你自己去定義！」
飛向赤色人造月亮—朱月的獅山十字號，末日後的那些人所踏上的旅程即將迎來逆轉點。
《末日後的那些人》
作者：陳立正
第三季，連載再開，感謝支持
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