魯道夫二世被後世認為係一個平庸嘅統治者,佢性格比較毒,鍾意留喺屋企唔鍾意出街,甚至唔願意參加日常嘅國家事務接待等。
雖然喺信奉天主教嘅西班牙宮廷長大,但魯二世同父親一樣對新教較為包容。但比起做皇帝魯二世更加鍾意做一個學者,佢沉迷於占星術同鍊金術,亦都喜歡收藏藝術品。魯二世將佢嘅大部分時間都放喺愛好上,唔太願理政務,甚至連婚都冇結(但有情婦同私生子女)。
1592年,鄂圖曼再次入侵匈牙利,魯二世不願向鄂圖曼妥協,佢希望向穆斯林發動新一輪嘅十字軍東征以聚人心並解決新舊教嘅分歧。神羅同鄂圖曼喺1593年開始咗一場十三年嘅漫長嘅戰爭。
龐大嘅軍費迫使魯二世向貴族們作出各種讓步,尤其係喺教派問題上。波希米亞新教徒睇準神羅帝國最微弱嘅時機,提出更多宗教自由嘅要求。魯二世迫於壓力喺1609年簽署咗陞下詔書,後嚟成為波希米亞新教徒反抗神羅嘅重要依據。
長年嘅戰爭同政爭令魯二世苦不堪言,佢心理開始出現問題。佢對身邊人極不信任,成日懷疑有人要毒害佢,亦都開始經常酗酒逃避現實,身邊嘅人開始同佢離心離德。
1604年,匈牙利發生叛亂,哈布斯堡嘅家族成員乘機發難向魯二世迫宮,迫佢將匈牙利事務嘅管理權交俾佢細佬馬蒂亞斯。
馬蒂亞斯喺1606年分別同匈牙利叛亂者和鄂圖曼帝國議和。魯二世對此非常生氣,認爲馬蒂亞斯所作出嘅巨大讓步只係爲咗維持自己嘅權力,準備重新對土耳其開戰。
但馬蒂亞斯爭取到匈牙利叛亂者嘅支援,迫使魯二世將匈牙利、奧地利和摩拉維亞嘅王位讓俾馬蒂亞斯。被奪權後嘅魯二世遭到軟禁,佢喺9個月後去世,死前只剩下神羅皇帝嘅空頭銜。