前朝軍官同地主對蘇維埃政權並不支持,佢哋由海軍上將高爾察克同鄧尼金將軍率領下,組成白軍同蘇俄對抗,五年嘅俄國內戰就此爆發。
除咗白軍之外,捷克軍團同赤俄亦都成為咗敵人。捷克軍團由居住於烏克蘭西部嘅捷克斯洛伐克裔居民組成,目的係爭取獨立對抗奧匈帝國。軍團喺一次大戰期間支持沙俄,戰時透過吸收戰俘大規模擴充部隊,兵力增長到4萬人。
喺蘇俄同德國講和之後,捷克軍團決定借道西伯利亞鐵路去海參崴坐船回歸祖國。但喺途中經過車里雅賓斯克時,同向西回國嘅奧匈戰俘發生衝突。蘇俄拉咗開槍嘅捷克士兵,捷克軍團官兵為救戰友,占領咗車里雅賓斯克城,槍決咗當地嘅蘇俄領導人。
捷克軍團同蘇俄正式決裂,捷克軍團同白軍結盟,佔領咗西伯利亞所有大城市,更宣布海參崴脫離俄國,成為協約國嘅保護領地。隨後,捷克軍團部隊從海參崴沿鐵路西返,同白軍一齊進攻地方蘇維埃政權。
捷克軍團一路勢如破竹,好快就殺到尼二世所在嘅葉卡捷琳堡。當時紅軍指派咗雅科夫·尤洛夫斯基(見#335)負責沙皇一家嘅看守,佢有猶太人血統,係一個死忠嘅布爾什維克人。而佢嘅任務就係避免沙皇一家落入白軍或捷克軍團手中,不論以任何方法。
尤洛夫斯基喺發現瑪利亞公主同年輕守衛有男女關係之後,開始擔憂守衛會協助王室逃走,決定盡快處決佢哋,以免夜長夢多。
1918年7月17日半夜,尤洛夫斯基將沙皇一家帶到郊區一座別墅嘅地下室,向佢哋宣佈全家處決嘅決定。尼二世未開口抗辯,士兵們就向佢哋開槍。紅軍以機關槍亂槍掃射,沙皇一家身上縫咗金銀珠寶嘅衣服成為了世上最昂貴嘅避彈衣,令佢哋身上多槍先死,大大增加咗佢哋嘅痛苦
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之後尤洛夫斯基將佢哋嘅遺體棄置喺廢棄嘅礦坑,並且淋上硫酸同汽油毁屍滅跡。