天正十年（1582年）5月底，羽柴秀吉求援，織田信長安排明智光秀、池田恆興、細川藤孝準備，自己與織田信忠帶領近衛百幾二百人去京都參訪，入住本能寺及妙覺寺。明智光秀返回丹波龜山城後，參加愛宕山既連歌大會 - 「愛宕百韻」。當聽到織田信長身在京都本能寺，只有少數隨從時，光秀不覺接上一句「ときは今 天が下知る 五月哉」（簡譯：取天下良機在今天，五月也）［2］，對到一半時光秀甚至連粽都未脫皮就食（《日本外史》）
織田信長響京都捉棋時，發生連續三局平劫既怪現象，亦夢到老鼠啃食馬腹（信長屬馬），但不減信長興致，6月1日在本能寺一帶舉辦茶會。明智光秀當日中午召集家臣明智秀滿、齋藤利三、明智光忠、溝尾茂朝、藤田行政等人，舉行秘密軍議，並於下午率領13000人前往西國增援。
明智軍抵達攝津附近，突然下令全軍換上急行裝備、不準休息、準備夜戰用糧食，全軍調頭前往京都，士兵完全不明所以，只有重臣知道目標。明智軍轉進，斬殺沿途經過既幾十個農民，並兵分兩路從桂川、四條街道進入京都。當明智光秀抵達後，下令全軍備戰，並收起旗幟趁夜前往織田信長父子所在既本能寺、妙覺寺。
明智光秀進軍路線
6月2日深夜4時，大軍完成佈署，明智光秀抵達本能寺前，舉起長鞭，指向寺門大叫：「敵人在本能寺！」
明智軍殺向本能寺，織田近衛隊聽到騷亂立即查探，頃刻鐵砲聲四起，織田信長最初以為織田信忠謀反，下令森蘭丸調查，然而對方既答案卻是：「明智惟任日向守，謀反！」
本能寺地圖
織田信長無奈地說：「是非に及ばず」（沒有辦法呀⋯⋯）下令所有人迎擊，明智軍從四面包圍，殺入寺內庭園，在內既24名近衛全部戰死，信長親自拈弓迎戰，弓被拉斷就用舉槍抵抗，但被流彈傷到右肘，信長下令侍女盡快離開，自己遁入大殿堂，呢個時候本能寺陷入一片火海，近衛湯淺直宗、小倉松壽、森蘭丸、森坊丸、森力丸相繼戰死，織田信長眼見無力回天，就響辰時於殿堂切腹自殺，與本能寺一同燒成灰燼，「第六天魔王」命喪本能寺，終年49歲。
本能寺之變繪卷
信長命喪本能寺 （《軍師官兵衛》劇照）
同時，妙覺寺既織田信忠聽到光秀謀反，執意拯救信長，帶領京都奉行村井貞勝出發，當聽到信長死亡既消息，立即轉向二條御所尋求朝廷庇護，明智軍大舉包圍二條御所。村井貞勝與明智交涉後，准許御所內既御仁親王等人徒步離開，織田信忠以名譽為由拒絕離開，與1500名近衛死守二條御所，明智軍中午攻擊，最終明智軍火燒二條御所，織田信忠自殺，村井貞勝戰死，而一門織田長益、織田三法師等趁亂逃離得脫。
「本能寺之變」以織田父子死亡結束，日本於統一前夕面臨劇變，明智光秀立即攻破安土城，並控制近江一帶。而天皇亦於6月7日派敕使任命光秀京都守護，又聯絡近畿周邊既勢力，包括細川藤孝、筒井順慶等，但係細川藤孝立即退隱，繼承人細川忠興軟禁妻子明智玉子，再拒絕光秀；而筒井順慶為觀望形勢，亦拒絕出兵。
而呢個時候，織田信長最信任既人即將挺身而出，與光秀一決雌雄。
