詹腓力博士(Dr. Phillip E. Johnson)在他的著作中指出:「化石記錄問題之中使達爾文主義者最頭痛的難處是‘寒武紀大爆炸’(Cambrian Explosion)。大約在六億年之前,幾乎所有動物的‘門’(Phylum)同時在地層中出現,完全沒有達爾文主義者必須有的祖先的痕跡。正如道斯所說,‘這些動物化石就好象有人故意放進去的一樣,完全沒有進化的歷史可以追尋。’達爾文在世時還沒有證據顯示寒武紀之前有任何生物存在。他在《物種起源》中承認‘這現象目前仍未能解釋,而且的確可以用來作為有力的證據打擊我現在要討論的觀點。’達爾文又說,如果我的學說是確鑿的話,‘寒武紀之前的世界必定充滿各種活物’」【3】。
但古生物學研究的結果正與達爾文所預期的相反。本世紀以來在加拿大哥倫比亞省發現的伯基斯(Burgess Shale of British Columbia)動物群,澳大利亞弗林斯德山脈發現的埃迪卡拉(Ediacarans)動物群和1984年在中國雲南省昆明市附近的澄江縣發現的澄江化石生物群,都進一步證實,在寒武紀,大量的動物門類同時突然出現,展示了地球上生命的形式的爆炸性的突變,無進化痕跡可尋。一些古生物學家報導說,他們在古老的岩石中(被認為在三十億年以前)找到一些原核生物(如細菌、藍綠藻等)的化石。此類化石有時是難以分辨真假的。即使這些化石是可靠的,這些原核生物與寒武紀突然出現的複雜的真核動物之間無任何進化關係。
達爾文本人對此也相當困惑。在他的著名的《物種起源》(Origin of Species)一書的第六章〈理論的難題〉(Difficulties of the Theory)的「極其完美和複雜的器官」(Organs of Extreme Perfection and Complication)這一節中,他直言不諱地寫到,「眼睛有調節焦距、允許不同採光量和糾正球面象差和色差的無與倫比的設計。我坦白地承認,認為眼睛是通過自然選擇而形成的假說似乎是最荒謬可笑的。」(To suppose that the eye with all its in imitable contrivances for adjusting the focus to different distances, for admitting different amounts of light, and for the correction of spherical and chromatic aberration, could have been formed by natural selection, seems, I freely confess, absurd in the highest degree.)