某個大雪紛飛的晚上，企圖破壞英雄社會的死柄木弔等人正打算秘密運送某樣「神秘物件」。事前已掌握他們動向的英雄們趕到現場、跟他們展開了一場激戰。混亂之中，死柄木弔等人帶著神秘物件逃走，並留下一句「實驗已經成功了」。
與此同時，由於 All Might 引退，「新世代英雄養成計劃」應運而生，綠谷出久跟雄英高中英雄科 1 年 A 班的其他同學便是計劃的目標對象。一行人因此前往遠在日本南端，一座平靜的小島－那步島。學生們以駐島英雄的身分幫助島上的人們。雖然只是幫助島上居民處理日常鎖事，但日子倒也過得悠閒自在。出久等人也在駐島期間結識了真幌跟活真這對姊弟。
然而，謎樣的敵人們卻突然襲擊那步島。指揮這一切的人，就是擁有九種個性的極惡反派 NINE。雖然出久、爆豪跟 1 年 A 班的同伴們攜手合作、挺身對抗敵人，但 NINE 壓倒性的力量與個性卻遠遠超乎他們的想像。為什麼 NIN E等人要襲擊那步島呢？出久跟 1 年 A 班這些新手英雄是否有辦法保護活真跟真幌、以及島民們，讓他們不受敵人侵害呢！？
為了保護島上的和平寧靜，雄英高中 1 年 A 班將全員參戰！
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