黎芷珊在香港出生,但來自澳門世家,祖父黎登是澳門當時唯一的公證師。其姑姐是黎婉華[1],是澳門賭王何鴻燊元配。黎芷珊5歲時父母離異,與弟弟黎烈[2]跟隨父親生活。她中學時在銅鑼灣名校聖保祿學校小學部和聖保祿學校就讀。在校時與姑丈何鴻燊女兒及表妹何超蕸為小學兼中學同學[3]。
黎芷珊的初戀情人是梁家輝,兩人拍拖一年多,因年齡差距分手。任《430穿梭機》主持人時與另一主持鄭伊健相戀,拍拖三年,後因鄭調離兒童節目組而無疾而終。1990年代與邵傳勇相戀,二人於2000年分手。曾傳與陳小春發展地下情。2004年起與年幼其12年的無綫藝員張達倫拍拖,2012年兩人分手[5][6]。