香港政治評論員兼律師桑普批評指,港九大隊「只集中力量打擊國民黨勢力,根本無抗日意識」[1]。他同時認為東江縱隊港九大隊,只是扮演救傷、轉移、營救戰俘等角色,並無武裝對抗日軍,與英、加兩國軍人參與「香港保衛戰」當中,與日軍正面交鋒,戰略層次完全不同。他批評東江縱隊港九大隊待英軍撤退後取走英國軍人槍械,建立地下組織在香港進行情報收集工作的行為。並指這成為了中共建政初期,香港地下黨(新華社及港澳工委)領導人員的前身[2]。
有香港學者指,在西貢區傳教的天主教神職人員成為港九大隊針對對象[3][4],1942年內三位在區內工作的傳教士黃子謙[5] 、郭景芸[6]、丁味略先後被人謀殺[7]。其中,根據天主教香港教區檔案的紀錄,其中神父郭景芸於1942年被港九大隊俘虜並殺害[8]。
港共竟然吹奏東江縱隊