位於第 16 區的車站（暫名：第 16 區站）將於現時屯門泳池一帶興建。車站將設有有三層包括月台層，大堂層及出入口層。擬建車站結構及其他鐵路相關設施將會佔用現有屯門泳池部份地方，故屯門泳池將會拆卸並重置於其他地方。
位於近屯門碼頭的屯馬綫新終點站（暫名：屯門南站）主體結構將設與湖景路上，車站南端出入口將會大約位於現時屯門碼頭公廁之位置（即海翠花園、輕鐵屯門碼頭總站旁），北端出入口則將會大約位於湖景路公園對開。
刊憲文件中提及，現時的輕鐵服務將不會受到屯門南延綫的工程所影響。另外，刊憲文件中的圖則似乎未為倡議中的「望后石綫」或屯馬綫進一步南延往機場及港珠澳大橋人工島附近作出預留。
值得一提的是，運輸及房屋局邀請港鐵公司以「擁有權」模式為基礎提交建議書。這意味兩個新車站在將來雖然會納入為屬於九廣鐵路系統之中，屯馬綫的一部分，但相關的鐵路資產很大機會不會由九鐵公司持有。
屯門南延綫相關的方案與圖則可以於路政署網頁瀏覽，或親身到中西區民政事務署，屯門民政事務署或屯門地政處查閱。我們歡迎各位就方案在這裡進行討論，亦鼓勵各位有識之士主動向政府提交意見！
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