本來,遷界令只在山東、江蘇、浙江及福建等省份實行,但是在1661年起,遷界令波及廣東省,其中尤以虎門以東(大部份是今日香港境內)的地區最為嚴重。廣東遷界不單要打擊朱成功,亦想打擊一個叫李萬榮的東莞人。原來在1647年清兵入粵時,李萬榮攻陷了大鵬嶺,控制了梅沙(今日東部華僑城一帶)及葵涌(中國大鵬灣附近),並在鯉魚門北邊的雞婆山(今稱魔鬼山,在香港的油塘附近)及沙田以西的地方建立起軍事據點,與清軍互相攻伐了十年。後來李萬榮投降,但不少部下成為海寇,遷界是為了切斷他們的補給線,餓死他們。
遷海令一下,香港遷界的起點並非港島最南方內遷50里,而是沙頭角至新田起開始內遷。所以,對大部份住在沙頭角以南的香港人來說,內遷其實不止50里,而是一次超級「長征」,不少人要寄居於東莞及惠州一帶的荒野,可見旅程之遠。
如果安排得宜,遷界令頂多只是喪失家園,不會造成重大傷亡。問題是清朝的遷界令只有三日期限,三日之內必須遷到界外,不願離開的人處以死刑,務求盡快做到「盡夷其地,空其人」。事實上,大部份的居民亦未獲官府通知。當軍差來到時,居民如晴天霹靂,只得倉猝離開。錦田的樹屋主人就是這個例子,倉皇離開,結果一去無回頭,經過年月的洗禮,大樹終於蠶食了這座400年的清代房屋。
諷刺的是,這樣勞師動眾對抗朱成功,但結果不但未如清朝所願。因為朱成功的兒子鄭經及孫子鄭克 [臧土](Unicode 字元顯示錯誤,可按連結參看)買通清朝官員,進行走私,又懂得與日本人做生意,故勢力並無減弱。反之,遷界令做成一宗宗人間慘劇。清初香港人務農為生,最大的資產就是農地,絕少積儲。遷界令叫他們離開農地,無疑是叫他們死亡。結果,不少人倉皇離家,旅途路上用光積儲,只好露宿荒野,甚至賣妻賣子。假如不願拋妻棄子,不少人只好全家飲毒藥或上吊自殺,共赴黃泉。《新安縣志》是這樣寫的:
「(百姓)流離日久,養生無計,爰有夫棄其妻,父別其子。壯年之民,散投各營。其餘乞食於異鄉者,沿途皆是。有重廉恥者,自取毒草斫水,舉家同飲而歿。」
所以,清代著名學者屈大均認為:「自有粵東以來,生靈之禍,莫慘於此。」除了造成百姓死傷無數外,遷界更令抗清的勢力大幅上升。除了番禹市橋有人起事,香港亦有一位叫袁四都的人抗清,他聚集一班人,在官富(即今日觀塘一帶)及瀝源(即是沙田一帶)等地建立起秘密據點,與清官為敵,不過很快就被平定了。