1991年來自1991年日本學者提出的學說。即認為現代日本人是彌生人和繩文人混血後的民族。但2021年最新研究認為現代日本人的DNA來自第三個血統來源的古墳人,現代日本人的DNA有71%來自古墳人而,繩文人和彌生人分別佔13%和16%。現代日本人的遺傳關聯古墳人高於繩文人和彌生人。近年來根據免疫球蛋白G的遺傳標記來判斷日本人的起源,顯示日本人可能起源於西伯利亞的貝加爾湖地區。[33]
如今日本族群血緣上,至少由三波移民組成。日本的三大人類Y染色體DNA單倍型類群為單倍群O、單倍群D與單倍群C。1.6萬年進入繩文時代最早源自東南亞的繩文人,到彌生時代仍然相當有存在感,但是在古墳時代以後降低到9%。公元3000年前進入彌生時代,源自東北亞的移民進入日本,他們遺傳上配備大量黑龍江採集狩獵族群DNA ,和繩文人合體成為彌生人,不過繩文血緣仍然超過一半 。到了3世紀進入古墳時代,又有源自東亞的古墳人移民抵達日本,他們遺傳配備大量黃河農耕族群DNA,類似現代漢人。他們和日本之前的族群合體,比例超過 60%。古墳時代三款祖源合體的遺傳組成,已經和現代日本人一致。從基因學上來看,日本人與東北亞及北亞地區民族(如蒙古族)存在一定的基因相似度,日本人同樣接近於通古斯民族,濊貊、肅慎、扶余等古東北亞部族均與日本人的基因有緊密聯繫。
有人指出,高句麗與日本有相似之處和連結。特別是日文的部分詞彙和發音有受到高句麗影響的說法。研究也表明,語言類型和語法結構存在共通性。
高句麗與日本的關係:
詞彙相似性:
有人指出高句麗與日文有相似的詞彙。例如,有理論認為高句麗語中的“san”(三)是日語中“mittsu”一詞的起源,還有理論認為高句麗語中的“忽次”和“古次”是日語中“くち”一詞的起源。