海關報警後不久，牛頭角警署卻突然接獲匿名人士報警，指在九龍灣宏天廣場附近發現一批海關文件，報案人隨即收線。與此同時，有人又致電海關總部，報料指警方在九龍灣拾獲海關文件，着海關派員到牛頭角警署取回。
警方與海關了解後展開初步調查，據悉，當局根據報案錄音及閉路電視錄影帶，發現一名版權及商標調查科關員有可疑，亦發現他曾在拾回文件現場附近出現，遂前往海關總部搜查該關員的儲物櫃，帶走電話卡及八達通卡調查，之後再將該關員拘捕，經調查後獲准保釋，稍後需回警署報到。
消息稱，涉案關員加入海關已逾十年，不排除有人「想博升職」，企圖藉偷走「競爭對手」負責案件的檔案文件，讓對方跌入失職陷阱。另亦有消息指，懷疑涉案人與負責檔案的同袍有積怨，致不惜以身試法加害對方。此外，海關高層高度關注今次閉門失竊事件，雖疑涉個別人士的操守問題，但認為檔案文件本身亦應謹慎收藏，正了解有關檔案文件是否獲妥善保存。
