蘇聯解體後,一夥軍事極端分子發動政變並控制了一座核彈基地,美國與俄羅斯只要任何一方膽敢搶攻,美國與俄羅斯都有相互保證毀滅與毀滅敵方盟軍的能力。
美國海軍-俄亥俄級核潛艇阿拉巴馬號接到指令出海,以便在萬不得以的情況下可以先發制人,艦長弗蘭克·拉姆齊(Frank Ramsey,真·赫曼飾)是美國海軍少有的幾位擁有實戰經驗的指揮官之一,而羅恩·亨特(Ron Hunter,丹素·華盛頓飾)少校則擔任他的副手。羅恩接受過大量軍事歷史和戰術方面的教育,但沒有過任何實戰經驗。
正副兩位艦長由於性格和行事風格完全相反,前者更加強硬和衝動,而後者則更加謹慎並注重分析。阿拉巴馬號出海後,兩人雖然在很多問題上看法不一致,但總體關係還算正常。可是幾天後,他們收到了指揮部發來的緊急行動指令,要求艇上發射核彈。但是由於潛艇這時受到了一艇俄國叛軍潛艇的攻擊,因此正當其接受到另一份緊急行動指令時與外界的通訊聯繫就中斷了,通訊設備也嚴重受損。
根據相關章程,核武器的啟動和發射必須要有艦長、副艦長的一致同意,因此這時兩人發生了嚴重的衝突,拉姆齊堅持要發射核彈,表示已有命令在手,另一份命令並沒有收到所以不需要考慮。而亨特則認為核武器發射事關重大,必須在確定另外一份命令的內容後才能做決定。之後由於艦長要求強行將副艦長撤職,副艦長於是引用海軍法相關章程反過來解除了艦長的職位。
但是,艦長戎馬一生,德高望重。他被撤換引來了許多人的不滿,他們決心通過叛亂,恢復艦長的指揮權。於是在這艘滿載核彈頭的潛艇上,海底下的「叛艦喋血記」正式地拉開了序幕……