日本內戰起源於第二次世界大戰後,日本列島被蘇軍和盟軍分區佔領。日本投降後,蘇聯在日本北部成立了軍管委員會。與此同時,被舊帝國政府關押的德田球一、宮本顯治等日本共產黨領導人被釋放。1946年7月,日本共產黨第五次全國代表大會在東京召開,提出了「廢除天皇制度」和「主權在民」的《日本人民共和國憲法草案》,另一方面派出宮本顯治、志賀義雄為代表的「北方工作隊」前往蘇佔區協助蘇聯進行管制,而德田球一、野阪參三等留在東京,領導美佔區的群眾運動。

[二戰後初期日本分治狀況]
1947年,蘇聯佔領軍將軍事管制改為民事統治,宮本顯治被任命第一任北日本民政府臨時主席。民政府成立後開始了各項改革方針,包括解放婦女勞動力、農地再分配改革、公有制經濟改革等。在日共領導下的民政府努力下,北日本經濟轉趨穩定,北日本人民對民政府的態度從不安轉為擁護。1948年初,由於歐洲局勢緊張,蘇聯計劃收縮在遠東的佈局,其中包括駐守在日本北部的3個師。由於蘇聯當局對北日本的管制往往以暴力為主,宮本顯治為首的民政府很早就提出了減少蘇軍駐紮,招募本地治安部隊以取代的提議,蘇軍開始撤離後,建立新的武裝部隊的計劃被提上日程。
而在南方,德田球一領導的日本左派群眾運動如火如荼。在如何對待左派的問題上,聯合國軍最高司令官麥克阿瑟與南日本首相吉田茂發生分歧。比如吉田茂為首的自由黨政府要求撤底鏟除日共在南方的勢力,而麥克阿瑟堅決反對如此激進的政治清洗。
1948年,麥克阿瑟主張放寬針對日本左派勢力的集會限制,遭到吉田茂政府反對,雙方矛盾激化,麥克阿瑟決定更換代理人。由於裕仁天皇仍是日本名義上的君主,因此麥克阿瑟更換首相需要獲得天皇的同意。自由黨政府中的反美勢力得知後決定先發制人,將此事告知裕仁,並鼓動其不要當美國人的橡皮圖章。1948年6月25日,在吉田茂和自由黨策劃下,裕仁天皇頒布《退位詔書》,辭去天皇之位並經泰國流亡瑞士。至此,日本超過一千五百年的君主制歷史宣告滅亡。