研究一個族群起源有考古學、語言學、分子人類學三大方法
考古學上,日本喺西南部搵到嘅早期遣跡同南島民族較為相似,有高腳屋呢啲常見於東南亞同南太平洋嘅結構(亦見於香港

),但唔排除只係環境相似嘅趨同演變,未能證實日本同南島民族真係有關連
語言學上,日文公認係孤立語,只係同琉球語有關連,所以未能喺語言學上搵到日本呢個族群嘅起源,不過有研究話曾經喺朝鮮半島南部出現嘅古國百濟嘅語言同日文有相似性,但仲未廣泛承認
分子人類學上,現代日本人嘅DNA同附近族群(中、韓、東南亞)相似性唔係好大,反而更加似東北亞同西伯利亞一帶嘅土著
總括而言,日本人嘅族群起源學術上未有定論
