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本作所處的世界觀,是有著宇宙人、怪獸和光之巨人所活躍的宇宙。
在顯生宙的白堊紀(1.45億~6600萬年前)中,一個名為那加的宇宙文明也從地球帶走了多頭恐龍,並將其改造成怪獸和恐龍人類,這種物種的化石被人類發現後,被稱為新恐龍(新恐竜)。在3000萬年前的漸新世中,由超古代人所率領的文明開始興起,並建立無數繁榮的都市,然而過去曾來到地球的「黑闇之王」與祂的眷屬,在隕石襲擊後從沈睡中甦醒,並派出黑暗派生出以哥爾贊為主的怪獸攻擊人類,這時來到地球的「光」,則選中人類中尚未喪失勇氣的戰士一體化,變成了「光之巨人」,而化身成光之巨人的超古代戰士則開始打倒怪獸,將黑暗力量的眷屬們封印入神殿深處。
然而當「邪神卡達諾佐亞」利用「齊杰拉」使人類都沉溺在快樂的夢境世界裡,讓人類陷入了沒有了戰爭,和平的生活著的幻覺世界,光之巨人因無法干涉人類的選擇,因此將自己的身體隱藏在巨大的金字塔中,還原成光的形態離開了地球。最終邪神卡達諾佐亞帶著毀滅的黑暗降臨,將超古代文明徹底毀滅,倖存的超古代人則搭著飛船離開了地球(詳第45話)。
在電影版《最終聖戰》的設定,則是更注重描述因人們心中的「黑暗」,使得曾和巨人同化的戰士成為了黑暗巨人,並開始摧毀文明的過程。 不過由編劇長谷川圭一所編寫的電影版,和小中千昭的小說版架構,明顯與右田昌萬架構的TV版設定存在衝突,因此對於世界觀的背景描述和劇情則產生多種版本。