保就業計劃設有兩項罰則，一是如果僱主未有把工資津貼全數發放予僱員，便需向政府歸還剩餘金額；二是如企業的受薪僱員人數較指定月份的總員工少，即僱主無按承諾「保就業」，便需按比例向政府交罰款。政策創新與統籌辦事處總監馮程淑儀表示，罰款以一條方程式計算，將政府的補貼金額乘以「僱員減幅百分率」，再乘以「罰款百分率」。
「罰款百分率」是按公司僱員總數劃分為5級，人數越多所需繳的罰金越多：少於10人公司只罰10%、10-49人公司罰20%、50-99人公司罰40%、100-499人公司罰60%、500人或以上企業罰最多80%。假設一間原有5名員工的微企，6月份獲政府資助4萬元津貼，但只剩3名員工，即比指定月份減少4成員工，其罰金為4萬元乘以40%的「僱員減幅百分率」，再乘以10%的「罰款百分率」，即僅罰款1,600元。以同樣減少40%人手計算，一間1,000名員工的大企業、每月領取500萬元補貼，如流失400人，最終會被罰款160萬元，仍可淨袋340萬元補助。
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