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JR九州は決定理由について、「九州の西部に位置する地域を呼称する「西九州」を冠した路線名称にすることで、西九州を広く全国にPRし地域全体の発展に寄与したいとの思いや、地元の皆さまからも末永く愛され、親しみを持っていただきたいという思いを込めて決定させていただきました」と伝えている。
JR東日本の新幹線には、新在直通ミニ新幹線のなかに、山形新幹線や秋田新幹線といった呼び方があり、終着駅の県名をとって長崎新幹線と呼ぶのではという声もあった。
今回、長崎新幹線とせず、西九州新幹線と大きなエリアでとらえたのは、「フル規格ですすめるから県名じゃなくてエリア名なのか」「佐賀県も通るからじゃないか」といったTwitter投稿もあった。
東北新幹線、上越新幹線、北陸新幹線、東海道新幹線、山陽新幹線、九州新幹線、西九州新幹線。九州という地名が重なる点も新しい。